În prezent, MECS – ANCSI derulează programele din actualul Plan Naţional CDI II în regim descentralizat, prin intermediul a trei instituţii cu rol de agenţii de implementare: UEFISCDI (pentru programele Resurse umane, Idei, Capacităţi, Parteneriate şi Inovare), Agenţia Spaţială Română – ROSA (pentru programul de cercetare în domeniul spaţiului – STAR/susţinerea participării României la ESA) şi Institutul de Fizică Atomică – IFA (pentru programele din domeniul nuclear şi de susţinere a participării României la CERN, Euratom, ITER, colaborarea cu CEA – Franţa).
Principala raţiune pe care se fundamentează demersul MECS – ANCSI este volumul mare de muncă şi exigenţele de natură organizatorică, logistică şi administrativă întâmpinate de cele trei agenţii de implementare în perioada de derulare a PN CDI II (2007-2014). Experienţa de până acum a relevat în mod clar existenţa a două zone critice, de maximă dificultate, în care depăşirea masivă a limitelor rezonabile ale volumului de activitate accentuează riscul deprecierii rapide a calităţii şi eficienţei activităţii: organizarea competiţiilor şi monitorizarea/evaluarea proiectelor contractate/post-monitorizarea proiectelor în raport cu perioada de finanţare. Acest risc, precum şi scăderea eficienţei activităţii sunt generate în principal de volumul supradimensionat al activităţilor, consecinţele directe fiind supra­încărcarea personalului sau/şi atragerea de personal suplimentar insuficient pregătit şi carenţele inevitabile de organizare (cum este cazul organizării şi funcţionării panelurilor de evaluare în cadrul competiţiilor, chiar în condiţiile existenţei unor sisteme informatice suport foarte performante).
În viziunea MECS – ANCSI, organizarea celor trei agenţii ţine seama de corespondenţa dintre structura şi obiectivele programelor din Planul Naţional CDI III, respectiv aria distinctă de responsabilitate a organismelor consultative cu care agenţiile colaborează în implementarea programelor, mediul de natură concurenţială care să permită o supraveghere şi o monitorizare reciprocă a agenţiilor în derularea proceselor de conducere a programelor, respectiv poziţionarea echidistantă faţă de mediul politic.
Înfiinţat în conformitate cu prevederile Ordinului de Ministru nr. 5.527/2011, cu modificările ulterioare, Colegiul Consultativ pentru Cercetare-Dezvoltare şi Inovare (CCCDI) este, alături de Consiliul Naţional pentru Cercetare Ştiinţifică (CNCS), unul dintre cele două organisme consultative asociate ale MECS – ANCSI. Atribuţia sa esenţială este formularea de recomandări şi propuneri privind cercetarea aplicativă, dezvoltarea experimentală, transferul tehnologic şi inovarea (programele Parteneriate şi Inovare din actualul PN II), precum şi cooperarea internaţională (programul Capacităţi, din actualul PN II) şi evaluarea performanţelor realizate în cercetare de institutele naţionale de profil.
Procesul de consultare lansat în vederea stabilirii celei mai eficiente forme de organizare a cercetării din România va continua cu dezbateri la nivelul Consiliului Naţional pentru Cercetare Ştiinţifică, Academiei Române, universităţilor şi institutelor de cercetare. (MECS)